Dezynfekcja wody jest działaniem mającym na celu zniszczenie występujących w wodzie mikroorganizmów oraz zapobieganie ich namnażania. Jednym ze środków do dezynfekcji wody jest dwutlenek chloru. Wykazuje on silne właściwości utleniające oraz jest jednym z najbardziej skutecznych dezynfektantów. Jest powszechnie stosowany do dezynfekcji wody przeznaczonej do spożycia oraz eliminacji bakterii Legionella.

Dezynfekcja dwutlenkiem chloru w porównaniu do innych metod nie jest kosztownym rozwiązaniem, ma długotrwały efekt oraz jest skuteczna nawet w odległych częściach instalacji. W przeciwieństwie do chloru, dezynfekcja ClO2 nie prowadzi do powstania toksycznych produktów ubocznych (THM i HAA).

Dwutlenek chloru został zarejestrowany przez Europejską Agencję Chemikaliów (ECHA) jak produkt biobójczy stosowany do dezynfekcji wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi i zwierzęta. Jest to więc całkowicie bezpieczna metoda dezynfekcji wody.