Enterokoki, czyli bakterie z rodzaju Enterococcus, naturalnie występują w przewodzie pokarmowym ludzi i zwierząt. W ocenie czystości mikrobiologicznej wody są one szczególnie istotnym wskaźnikiem, ponieważ potrafią przetrwać w środowisku wodnym dłużej niż bakterie coli. W praktyce oznacza to, że wykrycie enterokoków często wskazuje na długotrwałe zanieczyszczenie fekalne lub wcześniejsze skażenie, które mogło nastąpić nawet wtedy, gdy inne bakterie wskaźnikowe zostały już unieszkodliwione.

Ich obecność w wodzie pitnej jest niedopuszczalna. Zgodnie z obowiązującym Rozporządzeniem Ministra Zdrowia norma wynosi 0 jtk/100 ml. Woda skażona enterokokami może być źródłem poważnych infekcji, w tym zakażeń układu moczowego, zapalenia wsierdzia czy zakażeń ran. W przypadku ich stwierdzenia konieczne jest szybkie zastosowanie metod dezynfekcji wody, takich jak dezynfekcja chemiczna czy promieniowaniem UV.