Flokulacja wody to proces fizyczny, następujący bezpośrednio po chemicznym etapie koagulacji. Podczas flokulacji zdestabilizowane, mikroskopijne zanieczyszczenia łączą się w duże, widoczne gołym okiem skupiska zwane kłaczkami. Głównym celem tego etapu jest uformowanie cząstek o takiej wielkości i masie, aby mogły one łatwo opaść na dno zbiornika w procesie sedymentacji lub zostać skutecznie zatrzymane na filtrach.

W przeciwieństwie do gwałtownej koagulacji, flokulacja zachodzi w warunkach bardzo wolnego i delikatnego mieszania. Powolny ruch cieczy sprzyja zderzaniu się mikrocząstek i ich stopniowemu scalaniu w coraz większe struktury. Prędkość tego procesu musi być precyzyjnie kontrolowana. Zbyt intensywny ruch cieczy na tym etapie mógłby bezpowrotnie rozbić uformowane już, delikatne kłaczki.